Corona-Virus SARS-CoV-2

SARS-CoV-2-Vollgenomsequenzierung

SARS-CoV-2 Whole genome sequencing

Material

Voraussetzung für die Vollgenomsequenzierung des Coronavirus ist ein vorangegangener PCR-Nachweis von SARS-CoV-2 mit einem Ct-Wert unter 25.

Nasen-Rachen-Abstrich mit einem Tupfer entnommen in 1–2 ml physiologischer NaCl (bitte keine Aluminium-Abstrichtupfer oder Gelabstriche!)
Alternativ: Nasen-Rachen-Spülung oder -Aspirat (1–2 ml) oder Bronchoalveoläre Lavage (4 ml), Sputum (nach Anweisung produziert bzw. induziert, 1–2 ml), Trachealsekret (1–2 ml)
Informationen zur Präanalytik siehe hier: Untersuchungsmaterialien PCR.

Transport/Lagerung: Probe als Voraussetzung für die Abrechnung bitte schnellstmöglich (max. 24 Std.) und möglichst gekühlt ins Labor einsenden.

Einsender müssen beim DEMIS − Deutsches Elektronisches Melde- und Informationssystem für den Infektionsschutz registriert sein und mit dem Probenmaterial ihre DEMIS Labor-ID übermitteln. Zur Registrierung bitte vor der ersten Probensendung an die DEMIS-Geschäftsstelle wenden.

Spezielles Versandmaterial anzufordern unter Tel.: 02306 · 940 96 - 80 oder per E-Mail.

Methode

Für die Vollgenomsequenzierung wird analog zur SARS-CoV-2-PCR zunächst RNA der Coronaviren extrahiert, in DNA umgeschrieben und durch PCR spezifisch vermehrt. Auf Basis dieser SARS-CoV-2-DNA wird dann mit Illumina-Sequenziergeräten und geeigneter bioinformatischer Software die Sequenz des SARS-CoV-2-Gesamtgenoms bestimmt und zum Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) des Robert Koch Instituts (RKI) übermittelt. Anhand der Vollgenomsequenz werden zudem Mutationen der Virus-Sequenz, insbesondere des Spike-Proteins, sowie die Virus-Linie bestimmt, und es wird überprüft, ob eine besorgniserregende SARS-CoV-2-Virusvariante (VOC) gemäß der aktuellen Übersicht des RKI vorliegt.

Kostenhinweis

Die SARS-CoV-2- Vollgenomsequenzierung wird extrabudgetär gemäß den Vorgaben der KBV zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 (CorSurV) vom 18. Januar 2021 abgerechnet. Das RKI setzt ab dem Termin der Probennahme für die Probenanalyse eine Frist von wenigen Tagen bis zur Ergebnisübermittlung, weshalb eine zügige Zusendung der Probe Voraussetzung für Diagnostik und Abrechnung ist.

Indikation

Vorgaben der KBV basierend auf der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 (CorSurV): "Die Auswahl der geeigneten Proben zur Vollgenomsequenzierung erfolgt gemäß der vom Robert Koch Institut festgelegten Kriterien".  Dabei handelt es sich entweder um zufällig ausgewählte Proben nach der CorSurV oder um Proben mit einem epidemiologischen oder labordiagnostischen Verdacht auf das Vorliegen einer Variant of Concern (VOC) oder einer unter Beobachtung stehenden Variante (Variant of Interest; VOI), siehe auch hier: Kriterien für die anlassbezogene Sequenzierung im Rahmen der CorSurV, sowie ggf. im Infobrief 53 für Gesundheitsämter.

Anmerkung

Namentliche Meldepflicht für die Lungenerkrankung Covid-19 bei Verdacht, Erkrankung sowie Tod. Weitere allgemeine Informationen zu Covid-19: siehe RKI-Informationen.

In unserem Labor erfolgt keine Probennahme für Patient:innen.
Erkrankte und/oder besorgte Bürger*innen wenden sich bitte direkt an eine Arztpraxis, Klinik oder das zuständige Gesundheitsamt. In Dortmund erreichen Sie das Gesundheitsamt unter der Corona-Hotline Dortmund: 0231-50 13150. Vor der Vollgenomsequenzierung muss zunächst SARS-CoV-2 mittels PCR bei einem CT-Wert unter 25 nachgewiesen sein.

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Kontakt Analysebereich

Dr. rer. medic. Raina Yamamoto

Diplom-Biologe Molekulargenetik

Haus 1

Laboratoriumsmedizin, Humangenetik

Brauhausstraße 4
44137 Dortmund

Laboratoriumsmedizin Dortmund

Zugang Patient:inen für Blutentnahme, Probenabgabe, private Vorsorge, MPU, Reisemedizin

Humangenetische Sprechstunde

Dr. med. S. Schön
Dr. med. J. Kötting

Haus 2

Mikrobiologie, Infektions-PCR

Balkenstraße 17-19
44137 Dortmund

Haus 3

Analytik Laboratoriumsmedizin und Humangenetik

Probenannahme für Fahrdienst, Taxi, Paketdienste, Speditionen
Warenannahme (Rolltor links)
Kein Patientenverkehr!

Balkenstraße 12-14
44137 Dortmund

Haus 4 - Hansakontor

Endokrinologie, Diabetologie, Rheumatologie, Humangenetik, Schulungszentrum

Silberstraße 22 (Hansakontor)
44137 Dortmund

Zentrum für Endokrinologie, Diabetologie, Rheumatologie

Dr. med. F. Demtröder & Kollegen

Humangenetische Sprechstunde

Dr. med. Annemarie Schwan

Schulungszentrum des MVZ

Silberstraße 22
44137 Dortmund

Haus 5 - Triagon Dortmund

Hormon- und Stoffwechselzentrum für Kinder und Jugendliche

Triagon Dortmund
Alter Mühlenweg 3

44139 Dortmund

Hormonzentrum für Kinder und Jugendliche

Prof. Dr. med. Richter-Unruh & Kollegen

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