SARS-CoV-2 Whole genome sequencing

Voraussetzung für die Vollgenomsequenzierung des Coronavirus ist ein vorangegangener PCR-Nachweis von SARS-CoV-2 mit einem Ct-Wert unter 25.

Nasen-Rachen-Abstrich mit einem Tupfer entnommen in 1–2 ml physiologischer NaCl (bitte keine Aluminium-Abstrichtupfer oder Gelabstriche!)
Alternativ: Nasen-Rachen-Spülung oder -Aspirat (1–2 ml) oder Bronchoalveoläre Lavage (4 ml), Sputum (nach Anweisung produziert bzw. induziert, 1–2 ml), Trachealsekret (1–2 ml)
Informationen zur Präanalytik siehe hier: Untersuchungsmaterialien PCR.

Transport/Lagerung: Probe als Voraussetzung für die Abrechnung bitte schnellstmöglich (max. 24 Std.) und möglichst gekühlt ins Labor einsenden.

Einsender müssen beim DEMIS − Deutsches Elektronisches Melde- und Informationssystem für den Infektionsschutz registriert sein und mit dem Probenmaterial ihre DEMIS Labor-ID übermitteln. Zur Registrierung bitte vor der ersten Probensendung an die DEMIS-Geschäftsstelle wenden.

Spezielles Versandmaterial anzufordern unter Tel.: 02306 · 940 96 - 80 oder per E-Mail.

Für die Vollgenomsequenzierung wird analog zur SARS-CoV-2-PCR zunächst RNA der Coronaviren extrahiert, in DNA umgeschrieben und durch PCR spezifisch vermehrt. Auf Basis dieser SARS-CoV-2-DNA wird dann mit Illumina-Sequenziergeräten und geeigneter bioinformatischer Software die Sequenz des SARS-CoV-2-Gesamtgenoms bestimmt und zum Deutschen Elektronischen Sequenzdaten-Hub (DESH) des Robert Koch Instituts (RKI) übermittelt. Anhand der Vollgenomsequenz werden zudem Mutationen der Virus-Sequenz, insbesondere des Spike-Proteins, sowie die Virus-Linie bestimmt, und es wird überprüft, ob eine besorgniserregende SARS-CoV-2-Virusvariante (VOC) gemäß der aktuellen Übersicht des RKI vorliegt.
Weitere Infos siehe auch Infos RKI.

Die SARS-CoV-2- Vollgenomsequenzierung wird extrabudgetär gemäß den Vorgaben der KBV zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 (CorSurV) vom 18. Januar 2021 abgerechnet. Das RKI setzt ab dem Termin der Probennahme für die Probenanalyse eine Frist von wenigen Tagen bis zur Ergebnisübermittlung, weshalb eine zügige Zusendung der Probe Voraussetzung für Diagnostik und Abrechnung ist.

Vorgaben der KBV basierend auf der Verordnung zur molekulargenetischen Surveillance des Coronavirus SARS-CoV-2 (CorSurV): "Die Auswahl der geeigneten Proben zur Vollgenomsequenzierung erfolgt gemäß der vom Robert Koch Institut festgelegten Kriterien".  Dabei handelt es sich entweder um zufällig ausgewählte Proben nach der CorSurV oder um Proben mit einem epidemiologischen oder labordiagnostischen Verdacht auf das Vorliegen einer Variant of Concern (VOC) oder einer unter Beobachtung stehenden Variante (Variant of Interest; VOI), siehe auch hier: Kriterien für die anlassbezogene Sequenzierung im Rahmen der CorSurV, sowie ggf. im Infobrief 53 für Gesundheitsämter.

Namentliche Meldepflicht für die Lungenerkrankung Covid-19 bei Verdacht, Erkrankung sowie Tod. Weitere allgemeine Informationen zu Covid-19: siehe RKI-Informationen.

In unserem Labor erfolgt keine Probennahme für Patienten.
Erkrankte und/oder besorgte Bürger*innen wenden sich bitte direkt an eine Arztpraxis, Klinik oder das zuständige Gesundheitsamt. In Dortmund erreichen Sie das Gesundheitsamt unter der Corona-Hotline Dortmund: 0231-50 13150. Vor der Vollgenomsequenzierung muss zunächst SARS-CoV-2 mittels PCR bei einem CT-Wert unter 25 nachgewiesen sein.