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Human Genetics

MO - Molekulargenetik

Haemato-oncology: Molecular genetics

AA / myeloid, aplastic anemia - prognostic and therapeutic markers - NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), CSMD1, DNMT3A, PIGA, BCOR, BCORL1, CSMD1, JAK2 (E12-16), JAK3, RUNX1, STAT3 (E3,21), TP53

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Indication

Etwa die Hälfte der Patienten mit AA zeigt auch gleichzeitig eine PNH, diese durch PIG Mutationen hervorgerufen. Bei AA Vorhersage des Ansprechen auf immunsuppressive Therapie möglich, günstig: PIGA, BCOR, BCORL1ungünstig: ASXL1, DNMT3A, TP53, RUNX1, JAK2, JAK3, CSMD1; OS-Prognose bei AA günstig: PIGA, BCOR, BCORL11, ungünstig: DNMT3A, ASXL1, TP53, RUNX1, CSMD1; PFS-Prognose bei AA günstig: PIGA, BCOR, BCORL11, ungünstig: DNMT3A, ASXL1, RUNX1, JAK2, JAK3; Übergänge von AA/PNH zu MDS/AML durch klonale Evolution treten bei ca. 15% der Patienten auf und lassen sich oft an Mutationsspektrum und Variantenallelfrequenz beurteilen. 7% der AA und 2.5% der MDS zeigen auch STAT3-positive T-Zell Klone. Mutationen von PIGA sind ursächlich für PNH und führen zu einer beeinträchtigten Synthese von Glycosylphosphatidylinositol Ankermolekülen (sog. GPI Anker). Die Diagnose wird u.a. durch Immunphänotypisierung gesichert. Nur bei atypischen klinischen Manifestationen/atypischen durchflusszytometrischen Befunden kann genetische Diagnosesicherung sinnvoll sein.

Note

Literatur:

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AML / Akute Myeloische Leukämie - Panel 3 sensitiv für sAML, NGS-Panel

Gensymbole

ASXL1 (E12)4,5, BCOR4,5, EZH24,5, STAG24,5, SF3B1 (E13-16)4,5, SRSF2 (E1)4,5, U2AF1 (E2,6)4,5, ZRSR24,5, RUNX14, MLL-PTD (KMT2A)4

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

KM (EDTA bevorzugt), ansonsten auch EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM Abrechnung möglich.

Indication

Erweiterte Markersuche bei gesicherter Akuter Myeloischer Leukämie AML, genannte Mutationen in markierten Loci# sind 95% sensitiv und spezifisch für sekundäre AML (sAML with dysplasia) neben der Sensitivität von erweiterter, prognostischer Relevanz. Sofern neben Panel 1 & 2 durchgeführt, überlappende Loci ohne Berechnung.

5 „The presence of a mutation in SRSF2, SF3B1, U2AF1, ZRSR2, ASXL1, EZH2, BCOR, or STAG2 was >95% specific for the diagnosis of s-AML” (Lindsley et al.,)

4 Hinsichtlich “AML with mutated chromatin, RNA-splicing genes, or both: „Classification in this subgroup requires one or more driver mutations in RUNX1, ASXL1, BCOR, STAG2, EZH2, SRSF2, SF3B1, U2AF1, ZRSR2, or MLLPTD. In the presence of other class-defining lesions — namely, inv(16), t(15;17), t(8;21), t(6;9), MLL fusion genes, or complex karyotype or driver mutations in TP53, NPM1, or CEBPAbiallelic — two or more chromatin–spliceosome mutations are required.” (Papaemmanuil et al.)

Note

Literatur:

  1. WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
  2. Döhner et al., Blood. 2017 Jan 26;129(4):424-447. doi: 10.1182/blood-2016-08-733196. Epub 2016 Nov 28.
  3. Bullinger, Döhner & Döhner, J Clin Oncol. 2017 Mar 20;35(9):934-946. doi: 10.1200/JCO.2016.71.2208. Epub 2017 Feb 13.
  4. Papaemmanuil et al., n engl j med 374;23 nejm.org June 9, 2016
  5. Lindsley et al., 2015 125: 1367-1376 doi:10.1182/blood-2014-11-610543 originally published online December 30, 2014.
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AML / Myeloid, acute myeloid leukemia - panel 2 other therapeutic options, NGA panel

Gensymbole

IDH1 (E4), IDH2 (E4), KIT (E2,8-17), KMT2A (MLL, MLL-PTD QPCR), NRAS, KRAS

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

KM (EDTA bevorzugt), ansonsten auch EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Erweiterte Markersuche bei gesicherter Akuter Myeloischer Leukämie AML, genannte Mutationen sind von erweiterter, prognostischer & therapeutischer Relevanz. Sofern neben Panel 1 durchgeführt, überlappende Loci ohne Berechnung.

Note

Literatur:

  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
  • Bullinger, Döhner & Döhner, J Clin Oncol. 2017 Mar 20;35(9):934-946. doi: 10.1200/JCO.2016.71.2208. Epub 2017 Feb 13.
  • Metzeler et al., BLOOD, 4 AUGUST 2016 x VOLUME 128, NUMBER 5.
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AML / Myeloid, acute myeloid leukemia - prognostic panel 1, NGS

Gensymbole

ASXL1 (E12), CEBPA, FLT3 (E14-15,20), NPM1 (E12), RUNX1, TP53

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

 

Material

KM (EDTA bevorzugt), ansonsten auch EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich. 

Indication

Prognostische Markersuche bei gesicherter Akuter Myeloischer Leukämie AML, genannte Mutationen sind von erheblicher, prognostischer und therapeutischer Relevanz.

Panel wird ergänzt durch Fragmenlängenanalysen FLT3 und NPM1.

Note

Literatur:

  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
  • Bullinger, Döhner & Döhner, J Clin Oncol. 2017 Mar 20;35(9):934-946. doi: 10.1200/JCO.2016.71.2208. Epub 2017 Feb 2013.
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BCR-ABL t(9;22)

BCR-ABL t(9;22), Philadelphia-Translocation for CML and ALL, qualitative
Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

qualitativ: Multiplex RT-PCR und nested RT-PCR für alle Fusionen (M-bcr, m-bcr und µ-bcr)

Indication

Differentialdiagnose des Philadelphia-Chromosoms bzw. der BCR-ABL positiven Hämoblastose, meist CML DD: MPN oder Ph+ ALL.

Accredited

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BCR-ABL t(9;22), Philadelphia-Translocation for CML and ALL, quantitative
Material

EDTA-Blut: 10 ml (CML)
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml (ALL)

Methode

quantitative Q-PCR (Fusionen M-bcr, m-bcr und µ-bcr möglich), andere Fusionen auf Anfrage;
BCR-ABL/ABL International Scale (IS) für M-ber Fusionen

Indication

Molekulare Therapiekontrolle der BCR-ABL/ABL Transkriptratio, meist CML oder Ph+ ALL.

Accredited

yes

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BCR-ABL, sequencing of ABL for t(9;22) to verify secondary TKI resistance
Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung der Exons 4-9 von ABL1

Indication

Bei ansteigender Resterkrankung unter Therapie mit Tyrosinkinaseinhibitoren (z.B. Imatinib/ Dasatinib/ Nilotinib/ Ponatinib/ Bosutinib), bestätigtem Verlust einer majoren molekularen Remission und nach jedem Wechsel des TKI sollte die Sequenzierung der ABL-Kinasedomäne von BCR-ABL erfolgen. Ziel ist ein rechtzeitiges Erkennen einer meist sekundären Resistenz zwecks gezielter, therapeutischer Intervention (z.B. Wechsel des TKI, Suche nach Knochenmarksspender, Wechsel auf andere Präparate).

Accredited

yes

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CBFB-MYH11 inv(16)

OMIM

CBFB: 121360, MYH11: 160745

Gensymbole

CBFB, MYH11

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

nested RT-PCR
quantitative PCR siehe CBFß-MYH11 inv(16) Fusionstyp A.

Indication

Zur Differentialdiagnose und weiteren Verlaufskontrolle der CBFß-MYH11 positiven AML FAB M4eo.
Zur Differentialdiagnose bei Hämoblastosen, ALL, CML, AML.
Eine 16q22 Anomalie ist nahezu pathognomonisch für AML des FAB Subtyps M4eo, tritt aber sehr selten auch bei AML -M2 -M5 oder der -M4 ohne Eosinophilie auf, außerdem bei MDS und CML in Blastenkrise.

Note

Siehe auch Multiplex-Aberrationsscreening, 28 Marker (bei AML, ALL, CML, mittels mDX® HemaVision® System).
Positive Proben können zusätzlich auf cKIT-Mutationen der Exons 8 und 17 geprüft werden (KIT mutiert mit höherer Rezidivrate, jedoch ohne Einfluß auf das OS, ggf. therapierelevant).
Etwa 30% der AML M4 und 20-25% der AML M2 weisen ebenfalls Mutationen des Gens KIT auf. Diese verschlechtern die ansonsten gute Prognose (höheres Rezidiv-Risiko M2+M4, niedrigeres Gesamtüberleben M2). Vorliegende KIT Mutationen können als therapeutische Targets genutzt werden. Hierbei ist die genaue Identifikation der vorliegenden Mutation überaus relevant für die Therapiewahl!

Bei Fragen zur Multiplex RT-PCR und leukämieassoziierten Fusionsgenen wenden Sie sich bitte an Dr. Haverkamp.

Accredited

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CBFB-MYH11 inv(16) fusion type A

Material

EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

quantitative PCR
Positive Proben können zusätzlich auf cKIT-Mutationen der Exons 8 und 17 geprüft werden (dann prognostisch ungünstiger).

Indication

Zur molekularen Verlaufskontrolle der CBFß-MYH11 positiven AML FAB M4eo.

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CCAAT / enhancer-binding protein, alpha (CEBPA)

OMIM

116897

Gensymbole

CEBPA, syn. CEBP, C/EBP Alpha

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung des kodierenden Exon 1

Indication

Relevant für Therapiewahl und Transplantationserfolg bei AML.
Der Nachweis biallelischer Mutationen von CEBPA ist ein etablierter Prognoseparameter bei AML mit unauffälligem Karyotyp (NC-AML).
Prävalenz 18% der AML mit unauffälligem Karyotyp (NC-AML).

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Chronic lymphoblastic leukemia (B cell): prognostic markers IGHV, TP53, SF3B1, NOTCH1

OMIM

147100

Gensymbole

IGH Locus (147100), TP53 (191170), SF3B1 (605590), NOTCH1 (190198)

Material

EDTA-Blut: 10 ml
Ggf. EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung: Exons 4-9 von TP53, Exons 12-16 von SF3B1, distale Hälfte Exon 34 von NOTCH1 Die methodisch bedingte Nachweisgrenze für somatische Mutationen kann abhängig von Mutationstyp und B-Zell-Anteil der Probe variieren. In der Regel sind Frameshift-Mutationen bis ~5%, Punktmutationen bis ~10% Signalanteil detektierbar.
IGVH: PCR VDJ, Datenbankabgleich, statistische Auswertung

Indication

B-CLL Patienten mit hohem Progressionsrisiko sind definiert durch mindestens 2 der folgenden Faktoren: Serumthymidinkinase > 10U/l; Lymphozytenverdopplungszeit < 1 Jahr, ungünstige Zytogenetik (17p-, 11q-) oder ungünstiger IgVH Status. Das höchste Progressionsrisiko weisen jedoch Patienten mit Deletion in 17p13.1 auf. 17p13.1 enthält das Tumorsuppressorgen TP53. Hierbei zeigt sich, dass meist das zweite, nicht deletierte Allel von TP53 durch Punktmutationen geschädigt ist. Ein Teil der Patienten mit Normalbefund hinsichtlich Chromosom 17 weist jedoch Punktmutationen als einzige Aberration in TP53 auf. Auch diese Patienten haben ein hohes Progressionsrisiko und sprechen schlecht bis gar nicht auf die Chemotherapie mit Fludarabine an. Andere Therapien, wie z.B. die Behandlung mit Alemtuzumab oder Ibrutinib sind bei Aberrationen von TP53 deutlich wirksamer. Für Patienten mit unauffälligem FISH Befund hinsichtlich Chromosom 17 kann die molekulargenetische Untersuchung der Exons 4-9 von TP53 und ein Ausschluss von Mutationen des Gens prognostisch relevant sein.
Aktuellen Publikationen zufolge gelten neben Mutationen oder Deletionen von TP53 und unmutiertem IGVH-Status auch Mutationen der Gene SF3B1 und NOTCH1 bei CLL als unabhängige, mit verschlechterter Prognose assoziierte, molekulargenetische Marker, die in ca. 17% bzw. 11% der B-CLL nachgewiesen werden (NOTCH1 bei Trisomie 12: 25-28%).1-5 Mutationsträger mit 30-40% OS nach 10 Jahren, daher ggf. relevant bei Entscheidung zur Transplantation).7

Note

Mutationen von NOTCH1 sind bei CLL2 wie auch bei Mantelzelllymphom (12% der MCL!)4 prognostisch ungünstig.6 Der langfristige Erfolg (OS und EFS) einer Transplantation der CLL wird durch SF3B1, TP53 oder NOTCH1 Mutationen nicht negativ beeinflusst.1 Weitere Informationen zum IGHV-Status bei CLL können Sie unserem Informationsblatt IGVH entnehmen.
Siehe auch Klonalitätsnachweis Immunglobulin-Schwerkette IGHV und teils Information bei den einzelnen Parametern.

Literatur
1 Dreger et al., Blood. 2013 Apr 18;121(16):3284-8. doi: 10.1182/blood-2012-11-469627. Epub 2013 Feb 22.
2 DelGiudice et al., Haematologica 2012; 97(3):437-441
3 Wang et al., NEJM, 2011; 365:2497-506
4 Cazzola et al., blood 2013; 121:260-69
5 Rawstron et al., N Eng J Med 2008 359(6):575-83
6 Kridel R, et al. Blood. 2012;119(9):1963-1971.
7 zusammengefasst in Rossi und Gaidano, Expert Rev Hematol. 2012;5(6):593-602

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IGVH und TP53

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Chronic neutrophilia caused by heterozygous mutation in the CSF3R gene

OMIM

138971, 162830

Gensymbole

CSF3R

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung von Exon 13-17

Indication

Rekurrente Mutationen von CSF3R finden sich bei 35-83% der CNL und seltener bei aCML (3.3%) und CMML (0.8%).
Neue Therapieoption der CSF3R positiven CNL mit membranproximaler ligandenunabhängiger Aktivierung wie z.B. bei p.Thr618Ile, ist u.a. der JAK Inhibitor Ruxolitinib.

Note

Differentialdiagnose zwischen aCML und CNL ist nur anhand hämatologischer Parameter möglich. Auf bei aCML vs. CNL relativ häufigere Mutationen von SETBP1 kann ebenfalls untersucht werden. Geeignetes Panel z.B. CSF3R, SETBP1, ASXL1 und SRSF2.
Vgl. auch Mutationssuche bei myeloischen Neoplasien.
Hereditäre Mutationen möglich (OMIM 162830)

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Clonality verification T-cell receptor, beta and gamma chain (TCRB, TCRG)

OMIM

TCRB: 186930 TCRG: 186970

Gensymbole

TCRB, TCRG

Material

EDTA-Blut: 1-2 ml, EDTA-Knochenmark: 1-2 ml,
ggf. 2 x 5 Paraffinschnitte (10 µm) im 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors

Methode

PCR und Fragmentlängenanalysen TCRG, TCRB, BIOMED-2 Protokoll

Indication

Unterstützender Klonalitätsnachweis bei lymphoproliferativen Erkrankungen (Lymphome/Leukämien), Verlaufskontrollen; oft bei T-Zell-Klonalität.

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Eosinophilia differential diagnosis

OMIM

CML (608232); MPN; Systemische Mastozytose (154800)
Sekundäre Eosinophilien durch T-Zellerkrankung

Gensymbole

KIT (164920), BCR-ABL1 (151410; 189980), JAK2 (147796), PDGFRA (173490), PDGFRB (173410), FGFR1 (136350), TCRG Lokus (609642), TCRB Lokus (186930)

Material

EDTA-Blut: 1-2 ml

Differentialdiagnose bei V.a.MarkerEmpfohlene Methode
Systemische MastozytoseKIT-D816V Mutationquantitative PCR
Systemische MastozytoseKIT Exon 17PCR und Sequenzierung
Systemische MastozytoseTryptaseEIA, 1 ml Serum erforderlich
CMLBCR-ABL1RT-PCR
CMML oder MPN/MDS overlap mit EosinophiliePDGFRA, PDGFRB, FGFR1FISH
Sekundäre Eosinophilie durch expandierten T-ZellklonTCRG und TCRBPCR, Fragmentlängenanalysen
Indication

Bei jeder persistierenden Eosinophilie sollte nach Ausschluss einer reaktiven Genese (V.a. Allergie, Parasitose) eine molekulargenetische Analyse folgen. Grunderkrankungen bei denen Eosinophilie auftritt, sind CML, MPN, systemische Mastozytose, Eosinophilien mit rearrangierten Loci PDGFRA, PDGFRB oder FGFR1 (teils TKI behandelbar, z.B. Glivec).

Accredited

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außer KIT

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Erythrocytosis, isolated

OMIM

147796

Gensymbole

JAK2

Material

EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

Abhängig vom Erythropoietinspiegel und der Ethnizität Sequenzierungen der Gene VHL, EPOR (Erythropoietinrezeptor), EPAS1 (HIF2A), EGLN1 (PHD2) und JAK2 Exons 12-15 (High Resolution Melting Methode)

Indication

Typischerweise finden sich Mutationen des Exons 12 von JAK-2 bei Patienten, die bei Auftreten einer klinischen Symptomatik nur eine isolierte Erythrozytose mit vermindertem Erythropoietin zeigen, während die meisten Patienten mit V617F Mutation auch erhöhte Leuko- und Thrombozytenzahlen aufweisen.

Note

Siehe auch Schema Stufendiagnostik bei Erythrozytosen. Differentialdiagnose: hoch affines Hämoglobin, Molekulargenetik Hb alpha und beta Kette.

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ETV6-PDGFRB fusion gene

OMIM

600618, 173410

Gensymbole

ETV6-PDGFRB

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

Nested RT-PCR ETV6-PDGFRB Transkripte
Vorzugsweise FISH-Analytik durchführen.

Medikamentöse Relevanz

Tyrosinkinaseinhibitoren wie Imatinib, Dasatinib, Nilotinib.
Auch für andere bei CMML bekannte Chromosomenaberrationen werden Therapieerfolge mit Kinaseinhibitoren wie Imatinib (Glivec) berichtet.

Indication

CMML mit Eosinophilie, Abklärung nicht reaktiver Eosinophilien, aCML, CEL, MPN, mit Eosinophilie, selten AML. CMML mit t(5;12)(q33;p13) zeigen meist Eosinophilie. Etwa 2-10% aller CMML sind positiv für die t(5;12)(q33;p13).
Etwa 50% aller PDGFRB Rearrangements entfallen auf die t(5;12)(q33;p13).
Vorzugsweise FISH-Analytik durchführen. Vgl. Eintrag Eosinophilie.

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FIP1L1/PDGFRA fusion gene (microdeletion 4q12)

OMIM

607686, 173490

Gensymbole

FIP1L1, PDGFRA

Material

EDTA-Blut: 10 ml,
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

Nested RT-PCR FIP1L1-PDGFRA Transkripte und DNA PCR der Bruchpunktregion.
Vorzugsweise FISH-Analytik durchführen. (Die Mikrodeletion 4q12 ist zytogenetisch kryptisch und lässt sich daher nur mittels PCR und/oder FISH zeigen.)

Medikamentöse Relevanz

Tyrosinkinaseinhibitoren wie Imatinib, Dasatinib, Nilotinib.

Indication

V.a. CEL, AML oder TLBL mit Eosinophilie, Abklärung nicht reaktiver Eosinophilien.
Vgl. Eintrag Eosinophilie.

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FLT3 gene: FMS-related tyrosine kinase 3, qualitative

OMIM

136351, 601626

Gensymbole

FLT3

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

TKD: PCR und Sequenzierung des Exon 20 von FLT3
ITD: Analyse von Exon 14-15 zur Zeit aus patentrechtlichen Gründen als Fremdleistung.

Indication

Relevant für Therapiewahl und Transplantationserfolg bei AML.
Die Längenmutation (LM, ITD) ist etablierter Prognoseparameter bei AML, insbesondere wenn isoliert bei AML mit unauffälligem Karyotyp (NC-AML) vorliegend: Ungünstige Prognose, Prävalenz 40% der NC-AML. Mutationen der Tyrosinkinasedomäne (TKD) finden sich bei ca. 7% der AML.

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IGHV-Status as prognosis marker for CLL

OMIM

147100

Gensymbole

IGH Locus

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

Multiplex-RT-PCR und Sequenzierung,
Datenbankabgleich, statistische Auswertung

Indication

CLL: Neben zytogenetischen Aberrationen ist vor allem das Fehlen somatischer Hypermutationen in IGHV (IGVH) multivariat unabhängig prognostisch relevant.
Zuvor kann die durchflusszytometrische Bestimmung von ZAP70 erfolgen.

HCL: Bei ca. 40% aller HCLv und 10% der klassischen HCL (dann ohne Mutation von BRAF) findet sich ein klonales IGVH4-34 Rearrangement, welches mit einem signifikant ungünstigem Therapieansprechen / Verlauf einhergeht.

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Immunoglobulin heavy chains variable gene cluster, IGHV

OMIM

147070

Gensymbole

IGHV

Material

EDTA-Blut: 1-2 ml, EDTA-Knochenmark: 1-2 ml,
ggf. 2 x 5 Paraffinschnitte (10 µm) im 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors

Methode

PCR und Fragmentlängenanalyse IGHV, BIOMED-2 Protokoll

Indication

Unterstützender Klonalitätsnachweis bei lymphoproliferativen Erkrankungen (Lymphome/Leukämien), Verlaufskontrollen, oft bei B-Zell-Klonalität.

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JAK2 mutations V617F and Exon 12-15

OMIM

147796, 133100, 601626, 254450, 263300, 614521, 600880

Gensymbole

JAK2

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

Stufendiagnostik:

  1. Häufige Mutation: quantitative, mutationsspezifische PCR auf Vorliegen von JAK2-617F
  2. Seltene Mutationen: PCR und High Resolution Melting (HRM)
  3. Wenn Stufe 2 positiv, dann bestätigende Sequenzierung
Indication

MPN: Somatische Mutation für 617F bei myeloproliferativen, BCR-ABL negativen Neoplasien (Polycythämia vera / PV, idiopathische Myelofibrose / IMF, essentielle Thrombozythämie/ET).
Stufendiagnostik
DD PV: 1. JAK2_617F, 2. HRM Exons 12-15
DD ET und MF: 1. JAK2_617F, 2. Calreticulin (CALR), 3. MPL, 4. falls DD isolierte Erythrozytose/PV: HRM Exons 12-15 JAK2

Budd-Chiari-Syndrom, Lebervenenthrombose, Pfortaderthrombose, Mesenterialvenenthrombose, evtl. rezidivierende Aborte.

Note

Siehe auch Schemata zur Stufendiagnostik bei Thrombozytosen sowie Erythrozytosen.
Weitere Informationen finden Sie in unserem Informationsblatt zu JAK2-Mutationen.

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KIT mutations verification in the case of AML

OMIM

164920

Gensymbole

KIT

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung der Exons 8 und 17

Indication

Relevant für Therapiewahl und Transplantationserfolg bei AML.
Das Vorliegen einer Mutation von KIT - meist Exon 17 bei t(8;21)(q22;q22) oder Exon 8 bei Inversion 16 (inv(16)(p13q22) - ist ein zusätzlicher Prognoseparameter der sogenannten "core binding factor"-CBF-AML und dann mit ungünstiger Prognose assoziiert. Prävalenz: Ca. 12% der AML mit t(8;21)(q22;q22) und 10% der AML mit inv(16)(p13.1q22) oder t(16;16)(p13.1q22).

Die ohne zusätzliche Mutation in KIT als günstig zu wertende Translokation t(8;21)(q22;q22) sowie die Inversion 16 inv(16)(p13q22) oder t(16;16)(p13.1q22) betreffen beide den "core binding factor", einen Regulator der normalen Hämatopoese.

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Large granular lymphocytic leukemia, T-LGL and NK-LGL: STAT3 mutations

OMIM

102582

Gensymbole

STAT3

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR an genomischer DNA, Sequenzierung des Exon 21 von STAT3. Parallele Immunphänotypisierung erforderlich. Nachweisgrenze ~10%. Bewertung erfolgt gemeinsam mit dem Anteil der CD3 pos. T-Zellen bzw. der NK-Zellen der Probe bzw. der Größe einer immunologisch abgrenzbaren Subpopulation mit evtl. pathologischen Oberflächenmarkern. Immunmagnetische Zellanreicherung möglich.

Indication

Etwa 28-40% aller T-LGL und 30% der NK-LGL weisen aktivierende, somatische Mutationen der SH2 Domäne von STAT3 auf (Exon 21).1,2 Ein positives Ergebnis stützt die die Diagnose LGL Leukämie.

Note

Bewertung gemeinsam mit weiteren molekulargenetischen (TCR Klonalität?), morphologischen, immunhämatologischen und klinischen Befunden empfehlenswert.

Literatur:
1 Koskela et al., N Engl J Med 2012;366:1905-13.
2 Jerez A, Clemente MJ, Makishima H, et al. Blood. 2012:120(15):3048-3057.

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Lymphoid, chronic lymphocytic leukemia, prognostic NGS panel

Gensymbole

ATM, BIRC3 (E6-9), BRAF (E15), EGR2, FBXW7 (E8-11), KRAS, MAP2K1 (E2,3), MGA (E9,16,17), MYD88 (E3-5), NFKBIE, NOTCH1 (E26-28,34), POT1, RPS15, SAMHD1 (E1-15), SF3B1 (E13-16), TP53, XPO1 (Codon 571 in E15) (aus CD19 oder nativ)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des lymphatischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Indication

Markersuche bei gesicherter B-CLL. Gemäß umfassender Literatur (s.Anm.) kann sich - insbesondere zur Optimierung der Therapiesteuerung vor einer geplanten Erstlinientherapie von CLL mit hohem oder sehr hohem Risiko bzw. Zweitlinientherapie refraktärer Patienten, zur möglichen Erkennung weiterer Patienten mit einem solchen Risiko (IPI unabhängig) z.B. bei jungen/fitten Patienten zum Zeitpunkt ED - diese erweiterte Mutationsanalyse prognostisch und therapeutisch relevanter Genloci anbieten.

Die Bestimmung des IgVH Mutationsstatus ist zusätzlich zu empfehlen.

Note

Literatur:

  • Nadel et al., BLOOD, 2016 127(17):2122-2130
  • Clifford et al., BLOOD, 2014 123(7):1021-1031
  • Young et al., Leukemia, 2017, 1-8 (doi:10.1038/leu.2016.359)
  • Rai et Jain, Am. J. Hematol., 2016, 91:330–340
  • Ljungström et al., BLOOD, 2016, 127(8):1007-1016
  • Edelmann et al., BLOOD, 2012, 120(24):4783-4794
  • Herling et al., BLOOD, 2016, 128(3):395-404
  • Liu et al., BLOOD, 2015, 126 (1):61-68
  • Lazarian, Guièze et Wu, Journal of Clinical Oncology, 2017, 35(9): 984-994
  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
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Lymphoid, unclear disease entity - NGS panel

Gensymbole

ARID1A, ATM, BCL2, BIRC3 (E6-9), BRAF (E15), BTK (E15), CARD11, CCND1 (BCL1), CD79B, CREBBP (E24-30), CXCR4, EED, EGR2, EP300, EPHA7, EZH2, FBXW7 (E8-11), FLT3 (E14,15,20), FOXO1, HRAS, ID3, IDH2 (E4), IKBKB, IKZF1, IL7R, JAK1, JAK3, KDM6A (UTX), KLF2, KMT2A (MLL), KRAS, MAP2K1 (E2,3), MEF2B, MGA (E9,16,17), MYD88 (E3-5), NF1, NFKBIE, NOTCH1 (E26-28,34), NOTCH2 (E26,27,34), NRAS, PHF6, PLCG2 (E19,24), POT1, PTEN (E5,7), RPS15, RUNX1, SAMHD1 (E1-15), SF3B1 (E13-16), STAT3 (E3,21), STAT5B (E15-16), SUZ12 (E10-16), TCF3, TERT (P,E1), TET2, TNFAIP3, TP53, TRAF3, U2AF2, UBR5, WT1 (E7,9), XPO1 (Codon 571 in E15) (aus CD19, CD138, CD3 oder nativ)

Siehe auch hier Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des lymphatischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Markersuche bei V.a. noch unklare B-Zell-Neoplasie.

Note

Literatur:

WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.

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MLL / MLL-PTD (partial Tandem duplication)

OMIM

159555

Gensymbole

MLL

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

quantitative PCR des minimal duplizierten Genbereichs der Exons 3-6 (versus ABL1)

Indication

Relevant für Therapiewahl und Transplantationserfolg bei AML.
Der Nachweis einer partiellen Tandemduplikation von MLL ist ein etablierter Prognoseparameter bei AML mit unauffälligem Karyotyp (NC-AML) oder AML mit Trisomie 11 und ist mit ungünstiger Prognose assoziiert; Prävalenz: 11% der AML mit unauffälligem Karyotyp (NC-AML) und 90% der AML mit Trisomie 11.

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MLL-MLLT2 (AF4) Transcripts(4;11)(q21;q23) in the case of ALL

OMIM

MLL: 159555 MLLT2 (syn. AF4): 159559

Gensymbole

MLL, MLLT2

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

qualitativ: nested RT-PCR, alternativ Multiaberrationsscreening
je nach Bruchpunkt quantitative PCR gemäß EAC Protokoll möglich (MRD Diagnostik)

Indication

Risikostratifizierung bei ALL, neben BCR-ABL (Ph+ ALL)

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MPL mutations in the case of thrombocytopenia or myelofibrosis

OMIM

159530, 254450

Gensymbole

MPL (syn. TPOR), MPLV

Material

EDTA-Blut: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung

Indication

Im Rahmen der Stufendiagnostik bei V.a. MPN:
DD PV: 1. JAK2_617F, 2. HRM Exons 12-15
DD ET und MF: 1. JAK2_617F, 2. Calreticulin (CALR), 3. MPL, 4. Falls DD isolierte Erythrozytose/PV: HRM Exons 12-15 JAK2

MPL ist als Rezeptor für Thrombopoietin entscheidend an der Regulation der Thrombopoese beteiligt. Gain of function Mutationen, die sowohl erworben, als auch hereditär auftreten können, führen zu einer Thrombozytose und Krankheitsbildern wie der Essentiellen (bzw. Familiären) Thrombozythämie (3-5% MPL-mutationspositiv) oder Myelofibrose (5-8% MPL-mutationspositiv).
Bei ET oder MF ohne Mutation in JAK2 sollen sich Mutationen in MPL bei bis zu 12% der Patienten finden.
Mutationen, die im Zusammenhang mit hereditärer oder erworbener Thrombozytose beschrieben wurden, finden sich in den Exons 2, 3, 4, 10 und 11 sowie in den Introns 10 und 11 von MPL.
Selten führen missense oder nonsense Mutationen von MPL auch zur kongenitalen amegakaryozytären Thrombozytopenie (autosomal rezessiv). Betroffen sind hier alle Bereiche des Gens.

Note

Siehe auch Schema zur Stufendiagnostik bei Thrombozytosen.
Vergleichsweise höhere Prävalenz: JAK2 und CALR Mutationen. Auf dem ASH im Nov. 2013 erstmals vorgestellt und parallel publiziert: CALR Mutationen treten bei 67-82% der JAK2 negativen ET und bei 88% der JAK2 negativen MF auf (mutually exclusive mit JAK2 V617F!).

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Multiplex aberration screening, 28 markers (for AML, ALL, CML)

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

mDX® HemaVision® System, realtime RT-PCR, ein Ergebnis kann teils noch am selben Tag vorliegen!

Indication

Zur Differentialdiagnose bei Hämoblastosen (z.B. ALL, CML, AML) mit zytogenetisch unzureichendem Befund oder zur Bestätigung einer zytogenetisch geäußerten Verdachtsdiagnose.

Note

Nachweisbare Aberrationen:
t(1;11)(p32;q23): MLL/EPS15 (syn. MLL/AF1p)
t(1;11)(q21;q23): MLL/MLLT11 (syn. MLL/AF1q)
t(1;19)(q23;p13): E2A/PBX1
t(3;21)(q26;q22): AML/EAP/MDS/EVI1
t(3;5)(q25.1;q34): NPM/MLF1
t(4;11)(q21;q23): MLL/MLLT2 (syn. MLL/AF4)
t(5;12)(q33;p13): ETV6/PD6FRB (syn. TEL/PDGFRb)
t(5;17)(q35;q21): NPM/RARa
t(6:11)(q27;q23): MLL/MLLT4 (syn. MLL/AF6)
t(6;9)(p23;q34): DEK/NUP214 (syn. DEK/CAN)
t(8;21)(q22;q22): RUNX1/RUNX1T1 (syn. AML1/MGT8)
t(9;11)(q22;q23): MLL/MLLT3 (syn. MLL/AF9)
t(9;12)(q34;p13): TEL/ABL
t(9;22)(q34;q11): BCR/ABL
t(9;9)(q34;q34): SET/NUP214 (syn. SET/CAN)
t(10;11)(p12;q23): MLL/MLLT10 (syn. MLL/AF10)
t(11;17)(q23;q21): MLL/MLLT6 (syn. MLL/AF17)
t(11;17)(q23;q21): ZBTB16/RARA (syn. PLZF/RARa)
t(11;19)(q23;p13.1): MLL/ELL
t(11;19)(q23;p13.3): MLL/ENL
t(12;21)(p13;q22): ETV6/RUNX1 (syn. TEL/AML1)
t(12;22)(p13;q11): ETV6/MN1 (syn. TEL/MN1)
t(15;17)(q22;q21: PML/ RARa
t(16;21)(q11;q22): TLS/ERG
t(17;19)(q22;p13): E2A/HLF
inv(16)(p13;q22): CBFb/MYH11
t(X;11)(q13;q23): MLL/AFX
TAL1deletion(p34): SIL/TAL1

Accredited

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Myeloid neoplasias (AML, CMML, MDS, MPN) - mutation screening

OMIM

Siehe Anmerkung und Detailinformation.

Gensymbole

ASXL1, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, DNMT3A, ETV6, FLT3, EZH2, IDH1, IDH2, JAK2, KIT, KRAS, MLL, MPL, NPM1, NRAS, PHF6, PTPN11, RUNX1, SETBP1, SH2B3, SF3B1, SRSF2, TET2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2

Material

EDTA-Knochenmark oder EDTA-Blut: 2-5 ml; auch aus heparinisiertem Material möglich

Methode

PCR und Sequenzierung relevanter Genbereiche; teils auch Fragmentlängenanalysen

Indication

Insbesondere bei zytogenetisch unauffälligem Befund ist der Nachweis somatischer Mutationen diagnostisch für eine klonale Erkrankung sehr sensitiv, z.B. MDS, AML (>50%), CMML (>90%) und schließt - obwohl meist nicht pathognomonisch für eine bestimmte Entität - reaktive Veränderungen aus. Einige Mutationsbefunde können entscheidungs- und/oder therapierelevant sein und lassen sich zur MRD-Diagnostik nutzen.

Neben strukturellen oder numerischen Veränderungen an Chromosomen kennt man heute zahlreiche somatische Gen-Mutationen bei hämatologischen Neoplasien. Ein Mutationsscreening in relevanten Teilen von Genen, die gemäß Literatur bei myeloischen Neoplasien (AML, CMML, MDS, MPN) Mutationen zeigen können, kann in Ergänzung zu (molekular-) zytogenetischen und hämatologischen Untersuchungen aus einer Probe EDTA-/ Heparin-Knochenmark oder Blut erfolgen.

Obwohl meist nicht pathognomonisch für eine bestimmte Entität, entspricht nahezu jeder mutationspositive Befund am ehesten einem klonalen Geschehen, das nicht mehr mit reaktiven oder toxischen Einflüssen zu erklären ist und entscheidungs- und/oder therapierelevant sein kann. Somit ist der diagnostische Nutzen der molekulargenetischen Parameter (31 Loci) gerade dann gegeben, wenn andere diagnostische Verfahren noch ohne klares Ergebnis sind.
Siehe Detailinformation.

Note

Gene:
ASXL1 (E12); BRAF (E15); CALR (E9); CBL (E8-9); CEBPA (E1); CSF3R (E13-17); DNMT3A (E8,9,12-23); ETV6 (1-8); EZH2 (E2-20); FLT3 (E14-15 ITD z.Zt. als Fremdleistung, 20); IDH1 (E4); IDH2 (E4); JAK2 (12-15)*; KIT (E8-17)*; MLL (PTD)*; MPL (10-11)*; KRAS (E2-3); NPM1 (E12); NRAS (E2-3); PHF6 (E2-10); PTPN11 (E3); RUNX1 (E1-8); SETBP1 (relev. Ber. E4); SF3B1 (E12-16); SH2B3 (3-E2); SF3B1 (E14-16); SRSF2 (E1); TET2 (E3-11); TP53 (E4-9); U2AF1 (E2,E6 syn. U2AF35) WT1 (E7,9) ZRSR2 (E2-11)

E: Exon; *: cDNA

Ständige Ergänzung des Untersuchungspanels entsprechend aktueller Literaturlage. Beispiel: Mutationen in SF3B1 finden sich bei 75% (!) der MDS mit Ringsideroblasten (RARS oder RCMD-RS).
Siehe Detailinformation.

Accredited

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Myeloid, atypical chronic myelogenic leukemia, chronic neutrophilic leukemia, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), CBL (E8,9), CSF3R (E13-17), ETNK1, SETBP1 (im E4 max c.541_4000, sonst c.2354_2332), SRSF2 (E1)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Markersuche bei V.a. atypische CML oder CNL. Stufe 1 MPN sollte durchgeführt sein (JAK2, CALR, MPL), BCR-ABL1 sollte ausgeschlossen sein. FISH für PDGFRA, PDGFRB und FGFR1 ergänzen, PCM-JAK2 sollte auch geprüft sein.

Note

Literatur:

  • Mughal et al., Haematologica September 2015 100: 1117-1130; doi:10.3324/haematol.2014.114660
  • Piazza R. et al., Nat Genet. 2013 Jan;45(1):18-24. doi: 10.1038/ng.2495. Epub 2012 Dec 9.
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Myeloid, chronic myelomonocytic leukemia: core panel diagnostic and prognostic, NGS

Gensymbole

 

ASXL1 (E12), CBL (E8,9), DNMT3A, EZH2, JAK2 (E12-16), KIT (E2,8-17), KRAS, NPM1 (E12), NRAS, RUNX1, SETBP1 (im E4 max c.541_4000, sonst c.2354_2332), SF3B1 (E13-16), SRSF2 (E1), TET2, TP53, U2AF1 (E2,6), ZRSR2

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

 

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Indication

Markersuche bei V.a. chronisch myelomonozytäre Leukämie. Sensitivität für CMML > 90%. Abgrenzung reaktive Monozytosen.

Note

Literatur:

  • Mughal et al., Haematologica September 2015 100: 1117-1130; doi:10.3324/haematol.2014.114660
  • Patnaik MM et al., Leukemia. 2014 Nov;28(11):2206-12. doi: 10.1038/leu.2014.125. Epub 2014 Apr 3.
  • Federmann B. et al., Hum Pathol. 2014 Dec;45(12):2471-9. doi: 10.1016/j.humpath.2014.08.014. Epub 2014 Sep 7.
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Myeloid, myelodysplastic syndrome MDS - prognostic markers, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), BCOR, BCORL1, CBL (E8,9), DNMT3A, ETV6, EZH2, FLT3 (E14-15,20), GATA2, IDH1 (E4), IDH2 (E4), KRAS, NRAS , RUNX1, SF3B1 (E13-16), SRSF2 (E1), STAG2, TP53, U2AF1

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM Abrechnung möglich.

Indication

Suche nach prognostisch ungünstigen Markern (poor), vgl. z.B. Leitlinie MDS, ONKODIN (03/2016, abgerufen 03/2018): „Die Bestimmung von TP53, ASXL1, RUNX1 und EZH2 bei niedrig- und intermediär-Risikopatienten ist aus prognostischen Gründen obligat.“

Note

Literatur:

  • Bejar et a., N Engl J Med 2011;364:2496-2506,
  • Sperling et al., Nat Rev Cancer. 2017 Jan;17(1):5-19. doi: 10.1038/nrc.2016.112. Epub 2016 Nov 11.
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Myeloid, myelodysplastic syndrome MDS diagnostic, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), BCOR, BCORL1, CBL (E8,9), DNMT3A, ETV6, EZH2, FLT3 (E14-15,20), GATA2, IDH1 (E4), IDH2 (E4), JAK2 (E12-16), KIT (E2,8-17), RUNX1, SETBP1(im E4 max c.541_4000, sonst c.2354_2332), SF3B1 (E13-16), SRSF2 (E1), TET2, TP53, U2AF1 (E2,6), ZRSR2

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM Abrechnung möglich.

Indication

Markersuche bei V.a. myelodysplastisches Syndrom MDS. Sensitivität für MDS > 90%.

Note

Literatur:

  • Bejar et a., N Engl J Med 2011;364:2496-2506,
  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
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Myeloid, myelodysplastic syndrome MDS, markers with therapeutic relevance, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), BCOR, BCORL1, DNMT3A, EZH2, FLT3 (E14-15,20), JAK2 (E12-16), KIT (E2,8-17), IDH1 (E4), IDH2 (E4), TET2, TP53

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM Abrechnung möglich.

Indication

Suche nach therapeutisch relevanten Markern

Note

Literatur:

  • Gill et al., Int J Mol Sci. 2016 Mar 24;17(4):440. doi: 10.3390/ijms17040440.
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Myeloid, myelodysplastic syndrome with isolated del(5q), markers with therapeutic relevance, NGS panel

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich. 

Indication

Suche nach therapeutisch relevanten Markern für das MDS mit isoliertem 5q- Syndrom oder „einer einzelnen weiteren Chromosomenanomalie (außer Chromosom 7)“. Bei TP53 Mutation Wirksamkeit von Lenalidomid stark eingeschränkt. Ähnlich TP53 sind auch CSNK1A1 Mutationen mit ungünstiger Prognose assoziiert.

Note

Literatur:

  • Smith, AE, Lancet Haematol. 2015 May;2(5):e212-21. doi: 10.1016/S2352-3026(15)00050-2. Epub 2015 May 6.
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Myeloid, myelodysplastic/myeloproliferative neoplasms, MDS / MPN overlap, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), CALR (E9), CBL (E8,9), CSF3R (E13-17), DNMT3A, EZH2, JAK2 (E12-16), KIT (E2,8-17), KRAS, MPL (E4-12), NPM1 (E12), NRAS, RUNX1, SETBP1 (im E4 max c.541_4000, sonst c.2354_2332), SF3B1 (E13-16), SRSF2 (E1), TET2, TP53, U2AF1 (E2,6)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM Abrechnung möglich.

Indication

Markersuche bei V.a. overlap Syndrom zwischen myelodysplastischer unbd myeloproliferativer Neoplasie unklarer Zuordnung.

Note

Literatur:

  • Mughal et al., Haematologica September 2015 100: 1117-1130; doi:10.3324/haematol.2014.114660
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, essential thrombocythemia ET - prognostic panel, NGS

Gensymbole

EZH2, IDH2 (E4), SF3B1 (E13-16), SH2B3 (E2), TP53, U2AF1 (E2,6)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Prognostische Markersuche bei histologisch gesicherter essentieller Thrombozythämie ET, Unabhängig von Alter, Leukozytose und Thrombosen sind Mutationen in EZH2, IDH2, SH2B3, SF3B1, TP53, U2AF1 von erheblicher, prognostischer Relevanz.

Note

Literatur:

  • Tefferi und Barbui Am J Hematol. 2017 Jan;92(1):94-108. doi: 10.1002/ajh.24607.
  • Tefferi A, Rumi E, Finazzi G, et al. Survival and prognosis among1545 patients with contemporary polycythemia vera: an international study. Leukemia. 2013;27:1874–1881.
  • Passamonti F, Thiele J, Girodon F, et al. A prognostic model to predict survival in 867 World Health Organization-defined essential thrombocythemia at diagnosis: a study by the International Working Group on Myelofibrosis Research and Treatment. Blood. 2012;120:1197–1201.
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, extended diagnosis panel, NGS panel 2

Gensymbole

ASXL1 (E12), CALR (E9), CBL (E8,9), EZH2, IDH1 (E4), IDH2 (E4), JAK2 (E12-16), KIT (E2,8-17), KRAS, MPL (E4-12), NRAS, PTPN11 (E3,13), RUNX1, SETBP1 (im E4 max c.541_4000, sonst c.2354_2332), SF3B1 (E13-16), SH2B3 (E2), SRSF2 (E1), TP53, U2AF1 (E2,6)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich. 

Indication

Erweiterte Markersuche bei V.a. MPN. BCR-ABL1 immer ausschließen!

Eosinophilie: FISH für PDGFRA, PDGFRB und FGFR1 ergänzen, PCM-JAK2 sollte auch geprüft sein.

Note

Literatur:

  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
  • Mughal et al., Haematologica September 2015 100: 1117-1130; doi:10.3324/haematol.2014.114660.
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, extended prognostic panel, NGS

Gensymbole

 

ASXL1 (E12), CALR (E9), CBL (E8,9), EZH2, IDH1 (E4), IDH2 (E4), JAK2 (E12-16), MPL (E4-12), RUNX1, SF3B1 (E13-16), SH2B3 (E2), SRSF2 (E1), TP53, U2AF1 (E2,6)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

 

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich. 

Indication

Prognostische Markersuche bei histologisch gesichertem, BCR-ABL1 negativem MPN.

Eosinophilie: FISH für PDGFRA, PDGFRB und FGFR1 ergänzen, PCM-JAK2 sollte auch geprüft sein.

Note

Literatur:

  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
  • Mughal et al., Haematologica September 2015 100: 1117-1130; doi:10.3324/haematol.2014.114660
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, myelofibrosis prognostic panel according to MIPSS70 or MIPSS70 plus, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), EZH2, IDH1 (E4), IDH2 (E4), SRSF2 (E1)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Prognostische Markersuche bei histologisch gesicherter primärer oder sekundärer (z.B. post PV) Myelofibrose. CALR Status (Typ I [–like] Mutation?) und Anzahl Mutationen in ASXL1, EZH1, IDH1, IDH2, SRSF2 von prognostischer Relevanz, vgl. „MIPSS70“ und „MIPSS70 plus“ Score. Für MF ist eine prognostische Einschätzung zu evtl. Transplantation mittels MIPSS70 Index möglich (oder auch „MIPSS70 plus“ Index, inklusive Zytogenetik. Im MIPSS70 Index ab 2 Scorepunkten intermediäres Risiko, ab 5 hohes Risiko. Zur Vervollständigung des MIPSS70 Index erforderlich: Hb, Leukozyten, Thrombozyten, Blastenzahl im pB, konstitutionelle Symptome, Fibrosegrad, CALRTyp1-Status (hier unklar, ob Typ I Mutation). Zur Berechnung online. MIPSS70“ Score 0-1 „LOW“, 2-4 „INTERMEDIATE“, ab 5 „HIGH“; MIPSS70 plus: Score 0-2= “LOW”, 3=”INT”, 4-6=”HIGH”, >7= “VERY HIGH” mit 5-Jahresüberleben zwischen 7% (“very high”) und 91% („low“). Entscheidungshilfe pro/contra Transplantationen. Neben MIPSS70 auch Status von U2AF1 (Anämie!, Imetelstat) von Bedeutung.

Note

Literatur:

  • Tefferi und Barbui Am J Hematol. 2017 Jan;92(1):94-108. doi: 10.1002/ajh.24607.
  • Tefferi A et al. Revised cytogenetic risk stratification in primary myelofibrosis. 2017; under submission.
  • Zytogenetische “high risk” score-Punkte wenn: “Indicates any abnormal karyotype other than normal karyotype or sole abnormalities of 20q-, 13q-, +9, chromosome 1 translocation/duplication, -Y or sex chromosome abnormality other than –Y”
  • Barraco et al., Blood Cancer Journal (2016)6, e415; doi:10.1038/bcj.2016.22
  • Tefferi Blood Cancer Journal (2017) 7:648
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, myelofibrosis prognostic panel MIPSS70 or MIPSS70 plus extended, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), CALR (E9), CBL (E8,9), EZH2, IDH1 (E4), IDH2 (E4), JAK2 (E12-16), MPL (E4-12), RUNX1, SRSF2 (E1), U2AF1 (E2,6)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich. 

Indication

Prognostische Markersuche bei histologisch gesicherter primärer oder sekundärer (z.B. post PV) Myelofibrose. CALR Status (Typ I [–like] Mutation?) und Anzahl Mutationen in ASXL1, EZH1, IDH1, IDH2, SRSF2 von prognostischer Relevanz, vgl. „MIPSS70“ und „MIPSS70 plus“ Score. Für MF ist eine prognostische Einschätzung zu evtl. Transplantation mittels MIPSS70 Index möglich (oder auch „MIPSS70 plus“ Index, inklusive Zytogenetik. Im MIPSS70 Index ab 2 Scorepunkten intermediäres Risiko, ab 5 hohes Risiko. Zur Vervollständigung des MIPSS70 Index erforderlich: Hb, Leukozyten, Thrombozyten, Blastenzahl im pB, konstitutionelle Symptome, Fibrosegrad, CALRTyp1-Status (hier unklar, ob Typ I Mutation). Zur Berechnung online vgl. http://mipss70score.it MIPSS70“ Score 0-1 „LOW“, 2-4 „INTERMEDIATE“, ab 5 „HIGH“; MIPSS70 plus: Score 0-2= “LOW”, 3=”INT”, 4-6=”HIGH”, >7= “VERY HIGH” mit 5-Jahresüberleben zwischen 7% (“very high”) und 91% („low“). Entscheidungshilfe pro/contra Transplantationen. Neben MIPSS70 auch Status von U2AF1 (Anämie!, Imetelstat) von Bedeutung.

Note

Literatur:

  • Tefferi und Barbui Am J Hematol. 2017 Jan;92(1):94-108. doi: 10.1002/ajh.24607.
  • Tefferi A et al. Revised cytogenetic risk stratification in primary myelofibrosis. 2017; under submission.
  • Zytogenetische “high risk” score-Punkte wenn: “Indicates any abnormal karyotype other than normal karyotype or sole abnormalities of 20q-, 13q-, +9, chromosome 1 translocation/duplication, -Y or sex chromosome abnormality other than –Y”
  • Barraco et al., Blood Cancer Journal (2016)6, e415; doi:10.1038/bcj.2016.22
  • Tefferi Blood Cancer Journal (2017) 7:648
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, NGS panel 1

Gensymbole

JAK2 (E12-16), CALR (E9), MPL (E4-12)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich. 

Indication

Markersuche bei V.a. MPN. Stufe 1 hier JAK2_V617F, CALR, MPL, PV mit V617Fneg wird auch in Exon 12-15 von JAK2 untersucht, BCR-ABL1 immer ausschließen!

Eosinophilie: FISH für PDGFRA, PDGFRB und FGFR1 ergänzen, PCM-JAK2 sollte auch geprüft sein.

Note

Literatur:

  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
  • Mughal et al., Haematologica September 2015 100: 1117-1130; doi:10.3324/haematol.2014.114660.
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, polycythemia vera - prognostic panel, NGS

Gensymbole

ASXL1 (E12), IDH2 (E4), SRSF2 (E1)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Prognostische Markersuche bei histologisch gesicherter Polycythaemia vera PV (99% der Fälle sind JAK2 positiv): Unabhängig von Alter, Leukozytose, Venenthrombosen und Karyotyp 1-3 sind Mutationen in ASXL1, IDH2, SRSF2 von erheblicher, prognostischer Relevanz für leukämiefreies,- fibrosefreies- und Gesamtüberleben.

Note

Literatur:

  • Tefferi und Barbui Am J Hematol. 2017 Jan;92(1):94-108. doi: 10.1002/ajh.24607.
  • Tefferi A, Rumi E, Finazzi G, et al. Survival and prognosis among1545 patients with contemporary polycythemia vera: an international study. Leukemia. 2013;27:1874–1881.
  • Passamonti F, Thiele J, Girodon F, et al. A prognostic model to predict survival in 867 World Health Organization-defined essential thrombocythemia at diagnosis: a study by the International Working Group on Myelofibrosis Research and Treatment. Blood. 2012;120:1197–1201.
  • Tefferi et al., American Journal of Hematology, Vol. 92, No. 1, January 2017
  • Tefferi et al., blood advances, 29 NOVEMBER 2016 VOLUME 1, NUMBER 1 bloodadvances.2016000216.
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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, systemic mastocytosis SM, AHN panel, NGS

Gensymbole

ASXL1 (E12), CBL (E8,9), EZH2, JAK2 (E12-16), KIT (E2,8-17), KRAS, NRAS, RUNX1, SRSF2 (E1), TET2, U2AF1 (E2,6) (neben KIT_D816V)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

KM (EDTA bevorzugt), ansonsten auch EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Bei etwa 30% der Fälle von SM wird vor, während oder nach ED der SM eine begleitende hämatologische Nicht-Mastzell Neoplasie festgestellt (zuvor: SM-AHNMD, neue WHO: AHN). Klinische Symptome, Verlauf und Prognose werden sowohl von der SM Markersuche hinsichtlich begleitender, Nicht-Mastzell Neoplasie bei gesicherter systemischer Mastozytose, genannte Mutationen sind oft nicht nur hinweisend auf eine AHN sondern durch die AHN von erheblicher, prognostischer Relevanz für den weiteren Verlauf.

Panel wird ergänzt durch quantitative PCR KIT_D816V.

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Myeloid, myeloproliferative neoplasia, systemic mastocytosis SM, prognostic panel small, NGS panel

Gensymbole

ASXL1 (E12), RUNX1, SRSF2 (E1) (neben KIT_D816V)

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

KM (EDTA bevorzugt.), ansonsten auch EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Prognostische Markersuche bei gesicherter systemischer Mastozytose, genannte Mutationen sind von erheblicher, prognostischer Relevanz.

Panel wird ergänzt durch quantitative PCR KIT_D816V.

Note

Literatur:

  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
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Myeloid, unclear disease entity, NGS panel

Gensymbole

ABL1 (E4-11), ARID1A, ASXL1 (E12), ATRX (E8-10, 17-35), BCOR, BCORL1, BRAF (E15), CALR (E9), CBL (E8,9), CBLB (E9,10), CBLC (E7), CEBPA, CSF3R (E13-17), CSMD1, CSNK1A1 (E3,4), CUX1, DNMT3A, EED, ETNK1, ETV6, EZH2, FLT3 (E14-15,20) , GATA1, GATA2, GNAS (E7-9), HRAS, IDH1 (E4), IDH2 (E4), IKZF1, JAK2 (E12-16), JAK3, KIT (E2,8-17), KDM6A (UTX), KMT2A, KRAS, MPL (E4-12), NPM1 (E12), NRAS, PDGFRA (E12,14,18), PHF6, PIGA, PRPF40B, PTEN (E5,7), PTPN11 (E3,13), RAD21, RUNX1, SETBP1 (im E4 max c.541_4000, sonst c.2354_2332), SF1, SF3A1, SF3B1 (E13-16), SH2B3 (E2), SMC1A (E2,3,10-12,16-18), SRSF2 (E1), STAG1, STAG2, STAT3 (E3,21), SUZ12 (E10-16), TET2, THPO, TP53, U2AF1 (E2,6), U2AF2, WT1 (E7,9), ZRSR2

Siehe auch Tabelle Gen-Chromosom-Transkript-IDs des myeloischen Gesamtpanels.

Material

EDTA-Blut oder KM (EDTA bevorzugt): 1-2 ml

Methode

NGS

Kostenhinweis

EBM-Abrechnung möglich.

Indication

Markersuche bei V.a. noch unklare, myeloische Neoplasie. Sensitivität für MDS oder z.B. CMML > 90%.

Note

Literatur:

  • Bejar et a., N Engl J Med 2011;364:2496-2506,
  • Yoshida et al., Nature 2011 doi:10.1038/nature10496
  • WHO Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid Tissues. WHO Classification of Tumours, Revised 4th Edition, Volume 2. Edited by Swerdlow SH, Campo E, Harris NL, Jaffe ES, Pileri SA, Stein H, Thiele J. 2017.
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NPM1 gene for nucleophosmin, qualitative

OMIM

164040

Gensymbole

NPM1 (Nukleophosmin)

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR, Fragmentlängenanalyse und Sequenzierung des Exon 12 von NPM1

Indication

Relevant für Therapiewahl und Transplantationserfolg bei AML.

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NPM1 gene for nucleophosmin, quantitative

OMIM

164040

Gensymbole

NPM1 (Nukleophosmin)

Material

EDTA-Knochenmark: 2-5 ml
EDTA-Blut: 10 ml

Methode

quantitative PCR für NPM1 Typ A Mutationen (c.860_863dupTCTG)

Indication

Prognoseparameter bei AML, relevant zur Verlaufsbeurteilung der NPM1-positiven AML unter Therapie (nur bei initialem Vorliegen einer Typ A Mutation (75% aller NPM1 Mutationen bei AML von Erwachsenen).

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NRAS gene

OMIM

164790

Gensymbole

NRAS

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung des kodierenden Genbereichs der Exons 1 und 2

Indication

Prognoseparameter bei AML, möglicherweise relevant für Therapiewahl und Transplantationserfolg. Die Wertigkeit für einzelne Entitäten der AML ist Bestandteil von Studien.
Erfolg einer Bortezomib Monotherapie bei Multiplem Myelom

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PML/RAR alpha t(15;17)

OMIM

PML: 102578
RARA: 180240

Gensymbole

PML, RARA

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

nested RT-PCR,
quantitative PCR siehe QPCR Fusionstypen PML-RARA t(15;17) L-Form (BCR1), S-Form (BCR3) und V-Form (BCR2)


Indication

Zur Differentialdiagnose und weiteren Verlaufskontrolle der PML-RAR Alpha positiven AML FAB M3. Zur Differentialdiagnose bei Hämoblastosen, ALL, CML, AML.

Note

Siehe auch Multiplex-Aberrationsscreening, 28 Marker (bei AML, ALL, CML, mittels mDX® HemaVision® System).

Accredited

yes

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PML/RAR alpha t(15;17) quantitative, L type (BCR1), S type (BCR3) and V type (BCR2)

OMIM

PML: 102578
RARA: 180240

Gensymbole

PML, RARA

Material

EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

quantitative PCR Fusionstypen PML-RARA t(15;17) L-Form (BCR1), S-Form (BCR3) und V-Form (BCR2)

Indication

Zur molekularen Verlaufskontrolle der PML-RAR Alpha positiven AML (meist FAB M3).

Note

Sofern vorhanden, bitte unbedingt molekularen Vorbefund angeben!

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Polycythemia vera (PV)

OMIM

263300

Gensymbole

diagnostisch: JAK2
prognostisch: ASXL1, IDH2, SRSF2

Material

EDTA-Blut: 10 ml 
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

Stufendiagnostik MPN immer empfehlenswert, auch inklusive BCR/ABL1

Eine Myelofibrose wird teils auch sekundär, z.B. als "post-PV" beobachtet:  
1. JAK2_617F, 2. Calreticulin (CALR), 3. MPL, 4. JAK2 NGS Exons (E12-15, 20-21), 5. Falls DD isolierte Erythrozytose oder Thrombozytose siehe auch unsere Schemata Stufendiagnostik bei Thrombozytosen und Stufendiagnostik be Erythrozytosen.

Stufendiagnostik MPN:

Initial DD PV: 1. JAK2_617F, 2. NGS Exons (E12-15, 20-21):
initial DD ET und MF: 1. JAK2_617F, 2. Calreticulin (CALR), 3. MPL, 4. JAK2 NGS Exons (E12-15, 20-21), 5. Falls DD isolierte Erythrozytose oder Thrombozytose siehe auch unsere Schemata Stufendiagnostik bei Thrombozytosen und Stufendiagnostik be Erythrozytosen.

Indication

Somatische Mutationen bei myeloproliferativen Neoplasien (Polycythämia vera/PV, idiopathische Myelofibrose / IMF, essentielle Thrombozythämie / ET).
Stufendiagnostik MPN immer empfehlenswert, auch inklusive BCR/ABL1.

Prognostische Bedeutung der Molekulargenetik:

  • sofern ET: Unabhängig von Alter, Leukozytose und Thrombosen25-27 sind Mutationen in EZH2, IDH2, SH2B3, SF3B1, TP53, U2AF1 von erheblicher, prognostischer Relevanz.
  • sofern PV: Unabhängig von Alter, Leukozytose, Venenthrombosen und Karyotyp25-27 sind Mutationen in ASXL1, IDH2, SRSF2 von erheblicher, prognostischer Relevanz für leukämiefreies,- fibrosefreies- und Gesamtüberleben.28,29
  • sofern MF: CALR Status (Typ I [–like] Mutation?) und Anzahl Mutationen in ASXL1, EZH1, IDH1, IDH2, SRSF2 von prognostischer Relevanz, vgl. „MIPSS70“ und „MIPSS70 plus“ Score.25 Für MF ist eine prognostische Einschätzung zu evtl. Transplantation mittels MIPSS70 Index möglich (oder auch „MIPSS70 plus“ Index, inklusive Zytogenetik. Im MIPSS70 Index ab 2 Scorepunkten intermediäres Risiko, ab 5 hohes Risiko. Zur Vervollständigung des MIPSS70 Index erforderlich: Hb, Leukozyten, Thrombozyten, Blastenzahl im pB, konstitutionelle Symptome, Fibrosegrad, CALRTyp1-Status (hier unklar, ob Typ I Mutation). Zur Berechnung online vgl. http://mipss70score.it MIPSS70“ Score 0-1 „LOW“, 2-4 „INTERMEDIATE“, ab 5 „HIGH“; MIPSS70 plus: Score 0-2= “LOW”, 3=”INT”, 4-6=”HIGH”, >7= “VERY HIGH” mit 5-Jahresüberleben zwischen 7% (“very high”) und 91% („low“). Entscheidungshilfe pro/contra Transplantationen. Neben MIPSS70 auch Status von U2AF1 (Anämie evtl. Imetelstat)33,34 von Bedeutung!

Quellen:

25 Tefferi und Barbui Am J Hematol. 2017 Jan;92(1):94-108. doi: 10.1002/ajh.24607.
26 Tefferi A, Rumi E, Finazzi G, et al. Survival and prognosis among1545 patients with contemporary polycythemia vera: an international study. Leukemia. 2013;27:1874–1881.
27 Passamonti F, Thiele J, Girodon F, et al. A prognostic model to predict survival in 867 World Health Organization-defined essential thrombocythemia at diagnosis: a study by the International Working Group on Myelofibrosis Research and Treatment. Blood. 2012;120:1197–1201.
28 Tefferi et al., American Journal of Hematology, Vol. 92, No. 1, January 2017
29 Tefferi et al., blood advances, 29 NOVEMBER 2016 VOLUME 1, NUMBER 1 bloodadvances.2016000216.
30 Vannucchi AM, Lasho TL, Guglielmelli P, et al: Mutations and prognosis in primary myelofibrosis. Leukemia 27:1861-9, 2013
31 Giulielmelli J Clin Oncol. 2018 Feb 1;36(4):310-318. doi: 10.1200/JCO.2017.76.4886. Epub 2017 Dec 9.
32 “Indicates any abnormal karyotype other than normal karyotype or sole abnormalities of 20q-, 13q-, +9, chromosome 1 translocation/duplication, -Y or sex chromosome abnormality other than –Y” Tefferi A et al. Revised cytogenetic risk stratification in primary myelofibrosis. 2017; under submission.
33 Barraco et al., Blood Cancer Journal (2016)6, e415; doi:10.1038/bcj.2016.22
34 Tefferi Blood Cancer Journal (2017) 7:648

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RUNX1 mutation verification

OMIM

151385, 601399

Gensymbole

RUNX1 (AML1)

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung der kodierenden Exons 1-8

Indication
  1. Das Vorliegen einer Mutation in RUNX1 ist ein zusätzlicher Prognoseparameter bei AML und mit ungünstiger Prognose assoziiert. Prävalenz: ca. 22% der AML FAB M0, 30% der AML mit Trisomie 21 und fast 100% der AML mit Trisomie 13.
  2. FPDMM (familial platelet disorder with propensity to Myeloid Malignancies, Einverständnis gemäß GDG erforderlich)
Note

Relevant für Therapiewahl und Transplantationserfolg, siehe auch Prognoseparameter bei AML.

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RUNX1-RUNX1T1 t(8;21) / AML1-ETO t(8;21)

OMIM

RUNX1: 151385 (AML1)
RUNX1T1: 133435 (MTG8)

Gensymbole

RUNX1, RUNX1T1

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

nested RT-PCR

Indication

Zur Differentialdiagnose und weiteren Verlaufskontrolle der AML1-ETO positiven AML FAB M2. Zur Differentialdiagnose bei Hämoblastosen, ALL, CML, AML.

Note

Siehe auch Multiplex-Aberrationsscreening, 28 Marker (bei AML, ALL, CML, mittels mDX® HemaVision® System).
Positive Proben können zusätzlich auf cKIT-Mutationen der Exons 8 und 17 geprüft werden (KIT mutiert mit höherer Rezidivrate, jedoch ohne Einfluß auf das OS, ggf. therapierelevant).
Etwa 30% der AML M4 und 20-25% der AML M2 weisen ebenfalls Mutationen des Gens KIT auf. Diese verschlechtern die ansonsten gute Prognose (höheres Rezidiv-Risiko M2+M4, niedrigeres Gesamtüberleben M2). Vorliegende KIT Mutationen können als therapeutische Targets genutzt werden. Hierbei ist die genaue Identifikation der vorliegenden Mutation überaus relevant für die Therapiewahl!

Bei Fragen zur Multiplex RT-PCR und leukämieassoziierten Fusionsgenen wenden Sie sich bitte an Dr. Haverkamp.

Accredited

yes

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RUNX1-RUNX1T1 t(8;21)(q22;q22), quantitative / AML1-ETO

OMIM

RUNX1: 151385 (AML1)
RUNX1T1: 133435 (MTG8)

Gensymbole

RUNX1, RUNX1T1

Material

EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

quantitative RT-PCR
Positive Proben können zusätzlich auf cKIT-Mutationen der Exons 8 und 17 geprüft werden (dann prognostisch ungünstiger).

Indication

Zur weiteren Verlaufskontrolle der RUNX1-RUNX1T1 positiven AML FAB M2.

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SETBP1 combined with atypical CML, CNL, CMML

OMIM

611060, DD CML: 608232

Gensymbole

SETBP1

Material

EDTA-Blut: 10 ml
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

PCR und Sequenzierung des relevanten Bereichs im Exon 4

Indication

Differentialdiagnose bei V.a. atypische CML (>30% pos.), Chronische Neutrophilenleukämie, oder MDS/MPN overlap.
Siehe auch Mutationssuche bei myeloischen Neoplasien und BCR-ABL negativer Hämoblastose (DD CML).

Note

Differentialdiagnose zwischen aCML und CNL ist nur anhand hämatologischer Parameter möglich. Geeignetes molekulargenetisches Panel z.B. CSF3R, SETBP1, ASXL1 und SRSF2.
Vgl. auch Mutationssuche bei myeloischen Neoplasien.
Hereditäre Mutationen möglich (OMIM 162830) bei erblicher Neutrophilie

Literatur:
1 Pardanani et al., Leukemia 2013 (22. April) doi:10.1038/leu2013.122
2 Meggendorfer ASH 2013 session 634 oral talk, Poster 105.

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Thrombocythemia, essential

OMIM

187950

Gensymbole

diagnostisch: JAK2, MPL1, CALR,
prognostisch: EZH2, IDH2, SH2B3, SF3B1, TP53, U2AF1

Material

EDTA-Blut: 10 ml 
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

Stufendiagnostik MPN immer empfehlenswert, auch inklusive BCR/ABL1.

Eine Myelofibrose wird teils auch sekundär, z.B. als "post-PV" beobachtet:
Stufendiagnostik MPN:
initial DD ET und MF: 1. JAK2_617F, 2. Calreticulin (CALR), 3. MPL, 4. JAK2 NGS Exons (E12-15, 20-21), 5. Falls DD isolierte Erythrozytose oder Thrombozytose siehe auch unsere Schemata Stufendiagnostik bei Thrombozytosen und Stufendiagnostik be Erythrozytosen.
initial DD PV: 1. JAK2_617F, 2. NGS Exons (E12-15, 20-21)

Indication

Somatische Mutationen bei myeloproliferativen Neoplasien (Polycythämia vera / PV, idiopathische Myelofibrose / IMF, essentielle Thrombozythämie / ET).
Stufendiagnostik MPN immer empfehlenswert, auch inklusive BCR/ABL1.

Prognostische Bedeutung der Molekulargenetik:

  • sofern ET: Unabhängig von Alter, Leukozytose und Thrombosen25-27 sind Mutationen in EZH2, IDH2, SH2B3, SF3B1, TP53, U2AF1 von erheblicher, prognostischer Relevanz.
  • sofern PV: Unabhängig von Alter, Leukozytose, Venenthrombosen und Karyotyp25-27 sind Mutationen in ASXL1, IDH2, SRSF2 von erheblicher, prognostischer Relevanz für leukämiefreies,- fibrosefreies- und Gesamtüberleben.28,29
  • sofern MF: CALR Status (Typ I [–like] Mutation?) und Anzahl Mutationen in ASXL1, EZH1, IDH1, IDH2, SRSF2 von prognostischer Relevanz, vgl. „MIPSS70“ und „MIPSS70 plus“ Score.25 Für MF ist eine prognostische Einschätzung zu evtl. Transplantation mittels MIPSS70 Index möglich (oder auch „MIPSS70 plus“ Index, inklusive Zytogenetik. Im MIPSS70 Index ab 2 Scorepunkten intermediäres Risiko, ab 5 hohes Risiko. Zur Vervollständigung des MIPSS70 Index erforderlich: Hb, Leukozyten, Thrombozyten, Blastenzahl im pB, konstitutionelle Symptome, Fibrosegrad, CALRTyp1-Status (hier unklar, ob Typ I Mutation). Zur Berechnung online vgl. http://mipss70score.it MIPSS70“ Score 0-1 „LOW“, 2-4 „INTERMEDIATE“, ab 5 „HIGH“; MIPSS70 plus: Score 0-2= “LOW”, 3=”INT”, 4-6=”HIGH”, >7= “VERY HIGH” mit 5-Jahresüberleben zwischen 7% (“very high”) und 91% („low“). Entscheidungshilfe pro/contra Transplantationen. Neben MIPSS70 auch Status von U2AF1 (Anämie evtl. Imetelstat)33,34 von Bedeutung!

Quellen:

25 Tefferi und Barbui Am J Hematol. 2017 Jan;92(1):94-108. doi: 10.1002/ajh.24607.
26 Tefferi A, Rumi E, Finazzi G, et al. Survival and prognosis among1545 patients with contemporary polycythemia vera: an international study. Leukemia. 2013;27:1874–1881.
27 Passamonti F, Thiele J, Girodon F, et al. A prognostic model to predict survival in 867 World Health Organization-defined essential thrombocythemia at diagnosis: a study by the International Working Group on Myelofibrosis Research and Treatment. Blood. 2012;120:1197–1201.
28 Tefferi et al., American Journal of Hematology, Vol. 92, No. 1, January 2017
29 Tefferi et al., blood advances, 29 NOVEMBER 2016 VOLUME 1, NUMBER 1 bloodadvances.2016000216.
30 Vannucchi AM, Lasho TL, Guglielmelli P, et al: Mutations and prognosis in primary myelofibrosis. Leukemia 27:1861-9, 2013
31 Giulielmelli J Clin Oncol. 2018 Feb 1;36(4):310-318. doi: 10.1200/JCO.2017.76.4886. Epub 2017 Dec 9.
32 “Indicates any abnormal karyotype other than normal karyotype or sole abnormalities of 20q-, 13q-, +9, chromosome 1 translocation/duplication, -Y or sex chromosome abnormality other than –Y” Tefferi A et al. Revised cytogenetic risk stratification in primary myelofibrosis. 2017; under submission.
33 Barraco et al., Blood Cancer Journal (2016)6, e415; doi:10.1038/bcj.2016.22
34 Tefferi Blood Cancer Journal (2017) 7:648

Accredited

yes

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Thrombocythemia, familial (hereditary disposition)

OMIM

THPO: 600044
MPL: 159530

Gensymbole

THPO, MPL

Material

EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

Stufendiagnostik abhängig von der Ethnizität. Sequenzierung der Exons 2, 3 und 10 von MPL und des Exons 2 von THPO.

Indication

Idiopathische Thrombozytose nach Ausschluss einer reaktiven Thrombozytose und einer myeloproliferativen Neoplasie

Note

Siehe auch Schema zur Stufendiagnostik bei Thrombozytose .

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TP53 point mutation

OMIM

191170

Gensymbole

TP53

Material

EDTA-Blut: 1-2 ml

Methode

CLL: Stufendiagnostik durch Sequenzierung der Exons 4-9 von TP53
Falls V.a. Li-Fraumeni-Syndrom: Stufendiagnostik durch Sequenzierung der Exons 1-10 und MLPA des Gens TP53.
Übersicht möglicher Untersuchungen siehe auch Anforderungsschein hämato-onkologischer Diagnostik.

Indication
  1. CLL: Pathogene Punktmutationen von TP53 sind - genau wie Deletionen von 17p13.1 (TP53-Genregion) - mit einer verschlechterten Prognose assoziiert und finden sich überwiegend bei CLL hemizygot (Kombination aus Punktmutation/Deletion), bei 20-50% der Fälle jedoch auch ohne Deletion (heterozygot) oder compound heterozygot (beide Allele des Gens tragen eine Punktmutation). CLL mit Mutation oder Deletion von TP53 sind Höchstrisiko-CLL mit ungünstiger Prognose und Bedarf für ein adaptiertes Therapieschema. Neuesten Erkenntnissen zufolge zeigen jedoch auch B-CLL mit Deletion/Mutation in 17p13.1 einen recht unterschiedlichen, klinischen Verlauf, Hierbei hängen Prognose und Therapie führend von drei Kriterien ab: RAI-Stadium >1, unmutierter IGVH Status und >25% der Kerne pos. für del17p13.1. Patienten mit Punktmutationen und/oder Deletionen von TP53 sprechen schlechter auf die Chlorambucil/Fludarabin/Rituximab basierte Standardtherapien an, besser dagegen z.B. auf die Therapie mit Alemtuzumab.2,3 Bzgl. möglicher positiver Therapieeffekte4-8 von Dasatinib oder Actinomycin D11 bei Patienten mit TP53-Mutationen oder Deletionen bzw. unmutiertem IgVH-Status bleiben die Ergebnisse klinischer Studien abzuwarten. Weiterhin ist für die therapierefraktäre oder rezidivierte CLL - aber auch für die Erstlinientherapie - als neue Substanz mit vielversprechenden Ergebnissen PCI-32765 (BTK Inhibitor Ibrutinib9,10) zu nennen (Fa. Pharmacyclics, bereits Zulassung für refraktäre CLL, Stand März 2014 named patient program der Fa. Janssen möglich).
  2. Erbliche Disposition im Rahmen eines Li-Fraumeni (like)-Syndroms.
  3. Weitere Indikationen: CML, CMML, MDS, MPN, MALT, siehe dort.
Note

1 Tam et al., 2009, prepublished online DOI 10.1182/blood-2009-03-210591
2 Lozanski et al., Blood 2004, 103:3278-81
3 Stilgenbauer, Zenz, Am Soc Hematol Educ Program, 2010:481-8
4 Amrein et al., Brit J Hematol, 2009, 147:396-8
5 Amrein et al., Leuk Res, 2011, 35:99-102
6 Song et al., Clinical Cancer Research, 2010, 16:587-599
7 Veldurthy et al., Blood 2008;112:1443?52
8 Krause, Hallek, Leuk Res., 2011, 136-138
9 Rooij et al., Blood. 2012 Jan 25
10 Herman et al, Blood. 2011 Jun 9;117(23):6287-96. Epub 2011 Mar 21
11 Leukemia. 2012 Jun 1. doi: 10.1038/leu.2012.147.
12 Dreger et al., blood 2013: 121:3284-3288
13 DelGiudice et al., Haematologica 2012; 97(3):437-441
14 Wang et al., NEJM, 2011; 365:2497-506
15 Cazzola et al., blood 2013; 121:260-69
16 Rawstron et al., N Eng J Med 2008 359(6):575-83

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ZNF198-FGFR1 Fusion gene

OMIM

ZNF198: 602221
FGFR1: 136350

Gensymbole

ZNF198, FGFR1

Material

EDTA-Blut: 10 ml,
EDTA-Knochenmark: 2-5 ml

Methode

Vorzugsweise als FISH anfordern!
Nested RT-PCR ZNF198-FGFR1 Transkripte. Etwa 50% aller FGFR1 Rearrangments zeigen eine t(8;13)(p11;q12) und entsprechende ZNF198-FGFR1 Transkripte. Andere Translokationen sind bekannt. Siehe auch FISH-Analytik.

Indication

MPN mit Eosinophilie, einige AML oder precursor-TLBL/BLBL mit Eosinophilie, Abklärung nicht reaktiver Eosinophilien

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House 1

Laboratoriumsmedizin, Humangenetik

Brauhausstraße 4
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Laboratoriumsmedizin Dortmund

Zugang Patient:inen für Blutentnahme, Probenabgabe, private Vorsorge, MPU, Reisemedizin

Humangenetische Sprechstunde

Dr. med. S. Schön
Dr. med. J. Kötting

House 2

Mikrobiologie, Infektions-PCR

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House 3

Analytik Laboratoriumsmedizin und Humangenetik

Probenannahme für Fahrdienst, Taxi, Paketdienste, Speditionen
Warenannahme (Rolltor links)
Kein Patientenverkehr!

Balkenstraße 12-14
44137 Dortmund

House 4 - Hansakontor

Endokrinologie, Diabetologie, Rheumatologie, Humangenetik, Schulungszentrum

Silberstraße 22 (Hansakontor)
44137 Dortmund

Zentrum für Endokrinologie, Diabetologie, Rheumatologie

Dr. med. F. Demtröder & Kollegen

Humangenetische Sprechstunde

Dr. med. Annemarie Schwan

Schulungszentrum des MVZ

Silberstraße 22
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Hormon- und Stoffwechselzentrum für Kinder und Jugendliche

Triagon Dortmund
Alter Mühlenweg 3

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Hormonzentrum für Kinder und Jugendliche

Prof. Dr. med. Richter-Unruh & Kollegen

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