Humangenetik
MP - Molecular pathology
Analyses of tumor tissue
BRAF Mutationsanalyse (V600E)
OMIM
164757
Gensymbol
BRAF
Material
mikrodissektiertes Tumormaterial (Paraffinmaterial) in 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR und Sequenzierung von Exon 15
Indication
- Anti-EGFR-Therapie eines Karzinoms vom kolorektalen Typ
- Hyperplastische Polyposis
- BRAF-Kinasehemmertherapie bei Melanom
- nicht-kleinzelliges Bronchial-Ca vor Tyrosinkinasehemmer-Therapie
- RAF-Kinasehemmertherapie bei papillärem Schilddrüsenkarzinom
- V.a. HNPCC
Siehe auch Molekulargenetik, Analysen A-Z/ RASopathien.
BRAF bei hämatologischen Neoplasien siehe Molekulargenetik, Analysen A-Z/ Haarzellleukämie.
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EGFR Mutationsanalyse bei nicht-kleinzelligem Bronchial-Ca
OMIM
131550
Gensymbol
EGFR
Material
mikrodissektiertes Tumormaterial (Paraffinmaterial) in 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR und Sequenzierung (Exon 18-21, auf Wunsch auch Exon 22-24)
Medikamentöse Relevanz
Tyrosinkinasehemmer-Therapie z.B. bei Gefitinib
Indication
nicht-kleinzelliges Lungenkarzinom / NSCLC
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KIT Mutationen bei Gastrointestinalen Stromatumoren (GIST)
OMIM
164920
Gensymbol
KIT
Material
mikrodissektiertes Tumormaterial (Paraffinmaterial) in 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR, Sequenzierung der Exons 9, 11, 13 und 17
Stufendiagnostik: 1. KIT, 2. PDGFRA
Medikamentöse Relevanz
Imatinib, Dasatinib, Nilotinib, Sunitinib, Sorafenib
Indication
- vor Tyrosinkinasehemmer-Therapie des chemotherapierefraktären oder metastasierten Karzinoms, empfehlenswert für alle neu diagnostizierten Hochrisiko oder malignen GIST, Vorhersage des Therapieerfolgs von Imatinib, prognostische Relevanz
- Detektion sekundärer Resistenzen unter Tyrosinkinaseinhibition
- familiär gehäufte Fälle (meist multiple GIST); siehe KIT Mutationen bei hereditärem GIST, PDGFRA Mutationen bei hereditärem GIST (hierfür EDTA-Blut erforderlich)
- KIT Mutationen bei AML, siehe separater Eintrag in Molekulargenetische Analysen A-Z
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Klonalitätsnachweis Immunglobulin-Schwerkette IGHV (B-Zell-Klonalität)
OMIM
147070
Gensymbole
IGHV
Material
EDTA-Blut: 1-2 ml, EDTA-Knochenmark: 1-2 ml,
ggf. 2 x 5 Paraffinschnitte (10 µm) im 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR und Fragmentlängenanalyse IGHV, BIOMED-2 Protokoll
Indication
Unterstützender Klonalitätsnachweis bei lymphoproliferativen Erkrankungen (Lymphome/Leukämien), Verlaufskontrollen, oft bei B-Zell-Klonalität.
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Klonalitätsnachweis T-Zellrezeptor, Beta- und Gamma-Kette (TCRB, TCRG / T-Zell-Klonalität)
OMIM
TCRB: 186930 TCRG: 186970
Gensymbole
TCRB, TCRG
Material
EDTA-Blut: 1-2 ml, EDTA-Knochenmark: 1-2 ml,
ggf. 2 x 5 Paraffinschnitte (10 µm) im 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR und Fragmentlängenanalysen TCRG, TCRB, BIOMED-2 Protokoll
Indication
Unterstützender Klonalitätsnachweis bei lymphoproliferativen Erkrankungen (Lymphome/Leukämien), Verlaufskontrollen; oft bei T-Zell-Klonalität.
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KRAS Mutationsanalyse
OMIM
190070
Gensymbol
KRAS
Material
2 x 5 Paraffinschnitte in 1,5 ml Eppendorf-Cups oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR, Sequenzierung, Realtime-PCR
K-RAS Mutationen in Exon 2-4 speziell Codon 12, 13, 61, 117 und 146
Medikamentöse Relevanz
Cetuximab, Matuzumab, Panitumumab
Indication
- Anti-EGFR-Therapie eines Karzinoms vom kolorektalen Typ oder dessen Metastasen
- Hyperplastische Polyposis
- nicht-kleinzelliges Bronchial-Ca vor Tyrosinkinasehemmer-Therapie
- BRAF-Kinasehemmertherapie bei papillärem Schilddrüsenkarzinom
KRAS auch bei kolorektalem Karzinom; erbliche Erkrankungen siehe auch RASopathien und hämatologische Neoplasien.
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Molekularpathologische Untersuchung der Methylierung der Promotorbereiche der Reparaturenzym-Gene MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, MGMT und PMS2 bei Verdacht auf HNPCC / Lynch-Syndrom
OMIM
276300
Material
Mikrodissektiertes Tumormaterial sowie tumorfreies Gewebe jeweils in 1,5 ml Eppendorf-Cups, alternativ zum tumorfreien Gewebe: 2 ml EDTA-Blut
Methode
Methylierungsspezifische MLPA zur Detektion des Promotor-Methylierungsstatus von MLH1, MLH3, MSH2, MSH3, MSH6, MGMT und PMS2
Indication
Das dominant erbliche hereditäre non-polypöse Kolonkarzinom (HNPCC), auch Lynch-Syndrom genannt, basiert auf einer inaktivierenden Keimbahnmutation in einem der DNA-Mismatch-Repair-(MMR-) Gene. Die Enzyme der MMR-Gene (MLH1, MSH2, MGMT, PMS2, MSH3 und MLH3) reparieren während der DNA-Replikation entstandene Basenfehlpaarungen in der DNA und erhalten somit die Integrität des Genoms. Ist dieser Mechanismus gestört, akkumulieren genomweit Mutationen. Kolorektale Tumore von Patienten mit Lynch-Syndrom zeigen keine oder selten eine sehr schwache Methylierung des Promotorbereichs von MLH1. Der Nachweis einer Methylierung im Tumor ist daher eher ein Hinweis auf ein sporadisches Geschehen als auf HNPCC.
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MSI - Mikrosatelliteninstabilität eines kolorektalen Karzinoms
Material
mikrodissektiertes Tumormaterial sowie tumorfreies Gewebe jeweils in 1,5 ml Eppendorf-Cups,
alternativ zum tumorfreien Gewebe: 2 ml EDTA-Blut
Methode
PCR und Fragmentlängenanalyse der Marker: BAT25, BAT26, D5S346, D2S123 und D17S250; weitere auf Anfrage möglich.
Indication
V.a. HNPCC, kolorektales Karzinom: Prognosefaktor zusätzlich bei 5-FU-Therapie
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NRAS Mutationsanalyse
OMIM
164790
Gensymbol
NRAS
Material
2 x 5 Paraffinschnitte in 1,5 ml Eppendorf-Cups oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR, Sequenzierung, Realtime-PCR
NRAS Mutationen in Exon 2-4 speziell Codon 12, 13, 61, 117 und 146
Medikamentöse Relevanz
Cetuximab, Matuzumab, Panitumumab
Indication
- Anti-EGFR-Therapie eines Karzinoms vom kolorektalen Typ oder dessen Metastasen
- Hyperplastische Polyposis
- nicht-kleinzelliges Bronchial-Ca vor Tyrosinkinasehemmer-Therapie
- BRAF-Kinasehemmertherapie bei papillärem Schilddrüsenkarzinom
NRAS auch bei kolorektalem Karzinom;
erbliche Erkrankungen siehe auch RASopathien.
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PDGFRA Mutationen bei Gastrointestinalen Stromatumoren (GIST)
OMIM
173490
Gensymbol
PDGFRA
Material
mikrodissektiertes Tumormaterial (Paraffinmaterial) in 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR, Sequenzierung der Exons 12, 14 und 18
Stufendiagnostik: 1. KIT, 2. PDGFRA
Medikamentöse Relevanz
Imatinib, Dasatinib, Nilotinib, Sunitinib, Sorafenib
Indication
- vor Tyrosinkinasehemmer-Therapie eines chemotherapierefraktären oder metastasierten Karzinoms, empfehlenswert für alle neu diagnostizierten Hoch-Risiko oder malignen GIST, Vorhersage des Therapieerfolgs von Imatinib, prognostische Relevanz
- Detektion sekundärer Resistenzen unter Tyrosinkinaseinhibition
- familiär gehäufte Fälle (meist multiple GIST); siehe PDGFRA Mutationen bei hereditären GIST, KIT Mutationen bei hereditären GIST (hierfür EDTA Blut erforderlich)
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Phosphatidylinositol-3-Kinase (PIK3CA) Mutationsanalyse (Ex 11 und 22)
OMIM
171834
Gensymbol
PIK3CA
Material
mikrodissektiertes Tumormaterial (Paraffinmaterial) in 1,5 ml Eppendorf-Cup oder Paraffinblock des Tumors
Methode
PCR und Sequenzierung von Exon 11 und 22
Indication
Vor Therapiebeginn, zum Ausschluss einer durch aktivierende Mutationen im PIK3CA
möglicherweise verminderte Effizienz folgender Therapien:
- Anti-EGFR-Therapie eines Karzinoms vom kolorektalen Typ
- Nicht-kleinzelliges Bronchial-Ca vor Tyrosinkinasehemmer-Therapie
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